馆藏文物的风险大多数来源于外盗、监守自盗、文物腐蚀三个方面。为防止文物被外盗，各类博物馆都加强了安防工作，除全方面提升技术安防外，重点还加强了各部门的安全责任落实，近年来几乎未发生博物馆被盗案件，外盗风险得到了有效管控。馆藏文物安全内控问题是业内心照不喧的难题，各类博物馆在健全制度加强教育的同时，还利用全国第一次可移动文物普查的契机，基本摸清了家底，采取了一些防止内控问题发生的措施。不过总有个别单位暴露过文物遗失问题，如何防止个别内部人员受一夜暴富思想影响，做出违背职业道德的事情，目前从技术防范上讲还没有更有效的手段。现有安防技术规范主要是防外盗，缺少相应的内控技术标准，此类风险任旧存在。据相关部门统计，馆藏文物处于非常严重腐蚀状态的占比还不低，由于受经费、维修人才和保存环境的制约，馆藏文物得不到有效保护和妥善保存，客观存在腐蚀、腐烂、锈蚀现象，中小型博物馆文物腐蚀风险更为突出。
二是火灾隐患风险。博物馆的火灾隐患集中在用电上。近年来绝大多数博物馆通过改造供电线路、更换电器设备等方式提高了用电安全系数。但同时，近年来各种多媒体显示大屏以及其他声光电设备在博物馆普遍的应用，随之带来的电气火灾风险一天比一天突出。为防止电线、电器引发火灾，大多数博物馆在当日闭馆后会切断库区、展区等区域的供电，仅保留应急、安防等用电，所以博物馆总体上看用电不慎引发火灾的风险在降低，但其他的用电隐患应引起格外的重视，如库房内电器设备使用慢慢的变多，违规使用大功率电器现象，职工工位各种充电插头长期不断电，UPS电池组故障、电动车充电区、职工食堂等生活区、其他附属设施用火用电安全等隐患或现象常常被忽视，应当引起高度关注。
三是文物征集风险。随着事业单位采购方式的不断规范，此类风险在增大。首要的是合法来源问题。为打击文物犯罪行为，《博物馆条例》明确规定：禁止博物馆取得来源不明或不合法的藏品。但现实中仍有个别博物馆征集来源不明的文物，有些甚至是出土文物，引发了一些法律纠纷。主观上是为避免文物流失，却忽略了这是一种违背法律规定的行为，从某一种意义上讲是助长了犯罪活动，拓宽了销赃渠道，博物馆应该及时通过公安机关收缴。其次是文物真假问题。仿制水平慢慢的升高，有部分专家也是真假难辨，博物馆征集到了有争议的文物，这一现象还时有发生。如果出现这种情况很可能引发社会关注，弄得文物系统很被动。此类风险还很难避免，但也没有更好的科技辅助手段。最后是征集的程序和价格问题。有的博物馆领导就是因为在文物征集时程序不合规被问责，价格不透明被责疑，从而引发了单位内部的不团结。
